ŞEKİ HANLIĞI’NIN RUSYA TARAFINDAN İŞGALİ
1805 yılında Şeki ve Karabağ Hanlıkları ile yapılan anlaşmaya benzer anlaşma Şirvan Hanlığı ile de yapılmıştı. Artık Azerbaycan’ın kuzey kısmı Ruslar’ın eline geçmiş bulunuyordu. Buna rağmen Azerbaycan hanlıkları ile İran arasındaki gizli anlaşmalar devam etmiştir. Hatta İran Devleti lehine vaatler bile alınmıştı. Bunun sonucu olarak 1806 yılının Şubat ayında General Sisianov Bakü’de Hüseyin Kulu Han’la görüşmesi sırasında öldürülmüş ve kafası kesilerek İran Şahı’na gönderilmişti. Ayrıca Abbaskulu Ağa Bakıhanov’un yazdığına göre bu dönemlerde Azerbaycan hanlıkları Rusya’ya karşı isyana kalkışmışlardır. Bu hanlıklardan biri de Şeki Hanlığı’dır.
Kürekçay Anlaşması ile bağımsızlığını kaybeden Selim Han, yeniden bağımsızlığını kazanmaya çalışıyordu. O, bu yüzden İran Şah’ı Feteli Şah’ın ve Rusya’nın himayesini reddeden Dağıstan elçilerini kabul etmeye başladı. Bunu Sisianov’un Selim Han’a gönderdiği mektupta da görmek mümkündür. Sisianov mektubunda Selim Han’ı İran Şahı’nın ve Avar’ın elçilerini samimi bir şekilde kabul etmekle suçluyordu. Selim Han’ın Rusya’nın himayesinden çıkarak bağımsızlığını ilan etmesi ise Ruslar’ın Karabağ’da yapmış olduğu katliam sonucunda olmuştur.
10 Haziran 1806 yılında Şehzade Abbas Mirze 20 bin kişilik İran ordusuyla Şuşa kalesine yaklaştı. Kaledeki Rus ordularının komutanı Lisianoviç, İbrahim Halil Han’ın İran Şahı ile anlaşmasından şüphe duyarak, onu ailesi ve çocukları ile birlikte katletti. İbrahim Han’ın eşlerinden biri olan Selim Han’ın ablası da öldürülenler içerisinde idi. Karabağ’da Rusların yapmış olduğu katliamdan ve ablasının öldürülmesinden haberdar olan Selim Han, Rusların himayesinden imtina etti ve Şeki’deki Rus birliklerine saldırarak onları hanlığın arazisinden çıkardı.
Bir müddet sonra Şahzade Abbas Mirze Şeki’ye 300 asker ve Selim Han’a 30.000 çervon göndererek, Avarlardan ve Lezgilerden ordu toplamasını istedi. Sisianov’un ölümünden sonra Kafkasya başkumandan tayın olunmuş Gudoviç, Şeki’yi ele geçirmek için General Pyotr Nebolis’i gönderdi. 22 Ekim 1806 yılında yapılan savaşta Selim Han yenilgiye uğradı ve ailesi ile birlikte Şeki’nin Keldek köyüne kaçtı. Gudoviç, Nebolis’e Selim Han’ı yakalayarak Tiflis’e göndermesini emretti. Selim Han’ın soyu Han olmak hukukundan mahrum edildi ve Şeki Hanlığı’nın arazisi geçici olarak dört beyin idaresine verildi. Her şeyin elinden çıktığını gören Selim Han İran’a, Abbas Mirze’nin yanına kaçtı. Bir süre sonra Ruslar tarafından Şeki Hanlığı’nın başına Cafer Kulu Han getirildi.
Cafer Kulu Han Güney Azerbaycan’ın Hoy Hanlığı’nın Han’ı olmuştur. Onun, bir gün 300 askeriyle ava gitmesini fırsat bilen Feteli Şah Hoy Hanlığı’na hücum ederek oğlunu, eşini ve kardeşini esir aldı. Bu yüzden Cafer Han Revan’a geldi. Fakat Abbas Mirze’nin ordusuyla Revan’a geldiğini duyduğu zaman, buradan da kaçmak zorunda kaldı. 1804 yılında Ruslar Revanı ele geçirdiği zaman Cafer Kulu Han Rusların karargâhına gelerek sadakat yemini etti ve bunun karşılığı olarak ona Tümgeneral rütbesi verildi. 10 Aralık 1806 yılında Rusya Çar’ı Cafer Kulu Han’ı Şeki Hanı olarak tayin etmiştir.
Cafer Kulu Han’ın Şeki Hanı olmasına Selim Han’ın taraftarları karşı çıktı. Rus birlikleri karşı çıkanları cezalandırarak hapse attı. Selim Han, İran’dan Şeki’ye kendi adamlarını göndererek halkı Rus birliklerine karşı koymaya çağırdı. Bu yüzden Kafkasya’daki Rus ordularının başkomutanı General Gıdoviç, Cafer Kulu Han’a yazdığı mektupta Şeki halkını silahtan arındırmasının zaruri olduğunu söyledi. Halk sakinleşinceye kadar Şeki’de 3 askeri birlik bulundurmayı, ayrıca, Şeki beylerinden ve sadık adamlardan 500 kişilik silahlı birlik oluşturmalarını tavsiye etti. Buna rağmen Aşağı ve Yukarı Göynük köylerinin ahalisi isyan edip Cafer Kulu Han’a karşı çıktı. Fakat Rus askeri birlikleri ile onlara sadık olan yerli beylerin kuvvetleri ile isyanı bastırmayı başardılar.
Yeniden hâkimiyeti ele geçirmeye çalışan Selim Han, bir kaç defa Güney Azerbaycan’dan topladığı birliklerle Şeki’ye hücum etse de yapmış olduğu tüm çabalar başarısız oldu. O, 1819 yılında Erzurum şehrine gitmiş ve burada yaşamaya başlamıştır. Selim Han 12 Nisan 1826 yılında Osmanlı şehirlerinden biri olan Kiş şehrinde vefat etmiş ve cenazesi burada defnedilmiştir.
1814 yılında Cafer Kulu Han öldükten sonra onun yerine oğlu İsmail Han getirildi. Fakat İsmail Han Hanlığı Rusların istediği gibi idare edemedi. İsmail Han’ın bu işte yetersiz olduğunu gören Ruslar 1819 yılında onu zehirleyerek öldürdüler. Bu olay üzerine Kafkasya’ya başkumandan olarak tayin edilen Ermeni asıllı General Yermelov, Rus birlikleri ile Şeki’ye gelmiş ve İsmail Han’ın varisinin de olmamasını fırsat bilerek 1819 yılının Temmuz ayında Şeki Hanlığı’nın resmen Rusya’ya ilhak edildiğini ilan etmiş ve Şeki bu devletin bir vilayeti haline getirilmiştir.
Rusların İran’ı yenmesi ve Azerbaycan Hanlıklarını bir bir işgal etmesi Osmanlı Devleti ile İran’ı daha da yaklaştırmış ve Osmanlı Devleti’nin İran’ı Rusya’ya karşı açıkça desteklemesine neden olmuştur. İngilizlerin ve Osmanlıların teşviki ile İranlılar, Kafkasya’da uğradıkları kayıpları telafi etmek için yeniden Rusya’ya savaş ilan ettiler. 1826 yılında Şahzade Abbas Mirze’nin kendi ordusuyla Azerbaycan’a hücum etmesi ve Karabağ’ı ele geçirerek Şuşa kalesini kuşatma altına alması ile İran-Rusya savaşı başlamış oldu. İran’a kaçmış eski hanlar yeniden hâkimiyeti ele geçirmek için Abbas Mirze ile Azerbaycan’a geldiler. Bunlar içerisinde eski Şeki Han’ı Selim Han’ın oğlu Hüseyin Han’da vardı. Hüseyin Han Abbas Mirze’nin yardımı ile Şeki’ye Hücum etti ve buradaki Rus orduları yenilerek Şeki arazisini terk etmek zorunda kaldılar. Hüseyin Han 8 Ağustos 1826 yılında kendini müstakil Şeki Han’ı ilan etti. Şeki Hanlığı’nın son müstakil hanı Hüseyin Han olmuştur. Fakat Hüseyin Han’ın hâkimiyeti fazla uzun sürmedi. 19 Ekim 1826 yılında Rus orduları yeniden Şeki Hanlığı üzerine hücum etti ve Hüseyin Han yenilerek İran’a kaçtı. Böylece Şeki Hanlığı’nın Ruslar tarafından işgali tamamlanmış oldu.